卫生化验所加强内部质量管理，通过积极参加和组织能力验证、实验室间比对，不断提高实验室检验水平。2016-2017年共计参加41项96个参数实验室间比对和能力验证项目，这些项目分别由FAPAS、CNCA /CNAS 、国家FDA、国家食品安全风险评估中心、国家碘缺乏病参照实验室、国家CDC地病中心氟病所、中国CDC环境与健康相关产品安全所等部门组织，覆盖食品、涉及饮用水卫生安全产品、空气的理化和微生物等多领域。

其中2016年参加24项实验室间比对和能力验证项目，平均每月参加2项实验室间比对或能力验证项目，在已经收到的24项反馈中，23项优秀/满意，1项通过测量审核后结果满意。 2017年截止到11月共参加17项实验室间比对和能力验证项目，部分结果未反馈，结果尚未收集完毕。

卫生化验所通过参加能力验证或实验室间比对，可及时发现实验室存在问题和识别可能存在的问题，并通过分析原因，找出问题根源，及时采取相关的纠正措施，保证实验室的检验技术能力得到不断维持和提升。